در طرح جامع ایجاد رویشگاههای نمونه که نشان دهنده مناطق رویشی مختلف ایران و جهان باشند مورد توجه بوده است. هم چنین تعدادی کلکسیون موضوعی با اهداف آموزشی و پژوهشی و نمایشی برای باغ طراحی گردید. از رویشگاههای طراحی شده ۷ رویشکاه مربوط به ایران شامل رویشگاه هیرکانی، رویشگاه زاگرس، رویشگاه البرز جنوبی، رویشگاه ایرانی تورانی، گلخانه جنوب ایران، باغ پیاز های ایرانی، باغ میوه های بومی و ۶ رویشگاه مربوط به جهان شامل رویشگاه اروپا، چمن زار های آمریکا، رویشگاه قفقاز، رویشگاه هیمالیا، رویشگاه چین و ژاپن و ۸ کلکسیون و باغ موضوعی شامل قطعات آموزشی و نمایشی، باغ سیستماتیک، باغ گیاهان دارویی و صنعتی، آربراتوم، جنگل و گردشگاه (شاکای)‌ ، باغ صخره ایی و گیاهان زینتی، میدان مرکزی باغ رز و چهار باغ ایرانی و پهن برگان همیشه سبز است. نهالستان و گلخانه های تکثیر مواد گیاهی مورد نیاز باغ را تامین می کنند. اکثر بخشهای طرح جامع در باغ گیاه شناسی ملی ایران ایجاد شده و تنها بخش کمی از ان شامل گلخانه مناطق حاره در آینده ایجاد خواهد شد.